Medical Systems Biology

You are here:  Teaching > SS 2020 > Praktische Algorithmen der Bioinformatik und Computerlinguistik mit Lisp

Praktische Algorithmen der Bioinformatik und Computerlinguistik mit Lisp

 

 

Dozent:    
Dr. Ludwig Lausser
 
Dr. Johann Kraus
Dr. Tilman Becker
Dipl.-Inf. Gunnar Völkel
Prof. Dr. Hans A. Kestler     

Code:

CS8095.000

 

 

 

 

 


Vorlesungszeiten und Ankündigung

Die Vorlesung wird aufgrund der aktuellen Pandemiesituation derzeit nicht durchgeführt
(Stand 16.3.).  

Inhalt und Themen

Die Programmiersprache Lisp (= List processing) ist ein Meilenstein in der symbolischen Datenverarbeitung und prägte weite Bereiche im Forschungsfeld der Künstlichen Intelligenz. Sie findet bis heute Anwendung in diversen Bereichen u.a. bei Hochverfügbarkeitsanwedungen und bei Fragestellungen der Bioinformatik und Computerlinguistik.


In dem angebotenen Kompaktkurs sollen Studierende die Programmiersprache Lisp erlernen. Inhalte sind die imperativen, funktionalen und objektorientierten Aspekte der Sprache sowie die Verwendung von Funktionen höherer Ordnung und Makros. Die Konzepte sollen anhand von praktischen Beispielen aus der Bioinformatik und der Computerlinguistik erarbeitet werden.

  • Vorlesung (20 h):

Inhalte:

- Einführung in LISP
- Was ist LISP
- Funktionales Programmieren
- Variablen
- Imperatives Programmieren
- Typsystem
- Objektorientierte Programmierung (CLOS)
- Projekt: Objektorientierte Programmierung
- Macros
- Weiterführende Themen

  • Übung (8 h):

Die Kompaktkurs beinhaltet eine tägliche Präsenzübung, in der die Studierenden ihre bearbeiteten Übungsblätter mit den Dozenten besprechen.

  • Vor-/Nachbereitung (60 h):

Die Vor- und Nachbereitung des Kompaktkurs wird auf etwa 60 Stunden geschätzt. Dieser Zeitraum beinhaltet das selbstständige bearbeiten der Übungsblätter und Aufarbeitung der Vorlesungsstoffes.

  • Projekt (80 h):
Die Kompaktkurs wird durch ein selbstständig zu bearbeitendes Projekt (mit Vortrag) abgeschlossen, in dem die Studierenden das Erlernte anwenden sollen.

Job Openings

Wissenschaftlicher Mitarbeiter (m/w/d) 

 

Latest News

 

Our paper "GatekeepR: an R shiny application for the identification of nodes with high dynamic impact in boolean networks" has been published online first in Bioinformatics.

 

Our paper "The Necessity of Interoperability to Uncover the Full Potential of Digital Health Devices" has been published in JMIR Medical Informatics.

 

"Multicentric pilot study to standardize clinical whole exome sequencing (WES) for cancer patients" has been published in npj Precision Oncology.

 

Our paper "AMBAR-interactive alteration annotations for molecular tumor boards" has been published in Computer Methods and Programs in Biomedicine.

 

"A protocol for the use of cloud-based quantum computers for logical network analysis of biological systems" has been published in STAR Protocols.

 

Our paper "A systems biology approach to define mechanisms, phenotypes, and drivers in PanNETs with a personalized perspective" has been published in npj systems biology and applications.

 

"Supporting SURgery with GEriatric Co-Management and AI (SURGE-Ahead): A study protocol for the development of a digital geriatrician" has been published in PLoS One.

 

"Self-Assessment of Having COVID-19 With the Corona Check Mhealth App" has been published in IEEE Journal of Biomedical and Health Informatics.


Our first quantum computing paper "Leveraging quantum computing for dynamic analyses of logical networks in systems biology" has been published in Patterns.